El 24 de Octubre del año 1942 fue testigo de la inauguración del Museo gracias a Antonio Beltrán, uno de los personajes más importantes de la arqueología española . En el iban a tener un lugar los vestigios del paso del tiempo en la ciudad, además de algunas colecciones arqueológicas que ya habían sido recopiladas en el S.XVI destacando la colección epigráfica del Obispo Sancho Dávila, que podemos ver hoy en día expuesta.
Pero aunque los años cuarenta abrieran el camino, no sería hasta el año 1982 cuando lo encontremos en su ubicación actual, sirviendo de resguardo para la necrópolis paleocristiana de los siglos III-VII d.C descubierta en los años sesenta.